参加申請の提出締切日までに、提出資料を訂正等で再提出したい場合はどのようにしたらいいのですか？また、締切期限が過ぎてから間違いに気づき、再提出をすることは可能ですか？

「参加申請書」の再提出は、発注機関が認めた時に可能となりますので、 案件の発注機関に再提出を申請してください。
また、発注機関が「受付票」を発行すると、電子入札システム上では 再提出できなくなりますので、このような場合は各発注機関にお問い合わせください。
なお、締切期限が過ぎてから間違いに気づいた場合、再提出はできませんので申請書提出時には注意してください。