三重県だけでなく、国土交通省の電子入札も行いたいのですが、同じパソコンで可能ですか？

三重県と国土交通省で同じ認証局のＩＣカードをお使いでしたら、 １台のパソコンで両方の電子入札は可能です。

ただし、ＩＣカードの利用者登録はそれぞれおこなってください。